| La storia di Assassin's Creed inizia nel settembre del 2012, quando un barista di nome Desmond Miles (il personaggio controllato dal giocatore), è stato rapito da persone sconosciute molto prima dell'inizio del gioco e tenuto nelle Industrie Abstergo dove i ricercatori lavorano al progetto Animus. L'Animus è un macchinario in grado di visionare le memorie dell'antenato di chi lo usa, Desmond è stato "scelto" per il progetto per via della relazione con il suo antenato Altaïr, un membro della setta degli Assassini vissuto durante la Terza Crociata in Terra Santa; i dirigenti dell'Abstergo mostrano particolare interesse su qualcosa con cui è venuto a che fare Altaïr e vorrebbero saperne di più. Ma la mente di Desmond inizialmente rigetta le memorie di Altaïr (الطائر in arabo), dovendo quindi iniziare da un ricordo diverso e gradualmente procedendo sul ricordo interessato. I due ricercatori che supervisioneranno il lavoro di Desmond sono il dottor Warren Vidic e la sua assistente Lucy Stillman.Dopo varie peripezie e con le memorie di Altaïr complete, a Desmond è rivelato che all'Abstergo servivano i ricordi del protagonista per sapere dove cercare gli artefatti, infatti la compagnia vuole usarli per creare un mondo perfetto, (allo stesso modo dei Templari 1000 anni prima, notare anche che Abstergo in latino vuole dire purificare, ripulire) volendo controllare le menti di tutto il globo attraverso un lancio satellitare con il "Frutto dell'Eden" a bordo, e uccidendo chiunque resisterà. L'Abstergo non ha più bisogno di Desmond e lo vorrebbe eliminare, Ma Lucy lo salva, dicendo che le sue memorie potrebbero ancora servire, e di non lasciare niente al caso. Vidic lascia la stanza dicendo a Desmond di non rilassarsi troppo e che ci sarà ancora bisogno di lui.
Nel corso della storia sarà mostrato come Lucy (uno dei ricercatori che lavorano all'Animus), sia in realtà anch'essa membro degli Assassini, infiltrata nell'Abstergo per controllare Desmond e spiare i dirigenti. Lucy spiegherà a Desmond che l'Abstergo è stata fondata dai Templari, che hanno governato il mondo segretamente fino a quell'epoca, e che ancora danno la caccia agli Assassini. Nella conclusione del gioco Desmond vedrà attraverso l'"occhio dell'aquila", come sapeva fare il suo antenato, Lucy allontanarsi (con un alone blu) e Vidic (con un alone rosso). Poi andrà nella sua stanza per vedere il muro pieno di simboli ignoti e scritte in lingue straniere, tutto realizzato con sangue. Inoltre, curiosando nei computer presenti si potranno scoprire alcuni dettagli riguardanti la Abstergo e le sue attività. Mentre Desmond contempla l'evanescente messaggio lasciato dal Soggetto 16 nella sua cella, Lucy, macchiata di sangue e visibilmente preoccupata, entra e gli ordina di rientrare nell'Animus. Qui il protagonista assiste alla nascita di un bambino, Ezio, nell'Italia del Rinascimento, prima di essere estromesso bruscamente. I due fuggono dall'edificio della Abstergo e si rifugiano in un nascondiglio segreto dove li attendono due membri della confraternita degli Assassini: lo storico Shaun Hastings e l'esperta di computer Rebecca Crane, creatrice dell'Animus 2.0 (che chiama affettuosamente "Baby"). Lucy ritiene che i Templari non siano l'unica minaccia per l'umanità, e che la chiave per svelare la verità sia un giovane nobile fiorentino.
Lucy pensa anche che immergersi nella vita di un assassino possa avere un benefico effetto collaterale. Con i Templari sempre più vicini e decisi a ridurre il numero dei membri della confraternita nel mondo, crede infatti che grazie all'osmosi (un effetto collaterale dell'Animus), Desmond possa acquisire le abilità di Ezio attraverso la sua vita, proprio come se fosse lui.Dopo aver vissuto una parte della vita del suo antenato Desmond, infine, esce dall'Animus per scoprire che i Templari, guidati da Warren Vidic, sono giunti al nascondiglio per catturarli. Facendo sfoggio delle sue straordinarie abilità, Desmond combatte a fianco di Lucy per respingere l'attacco. Quando Vidic si ritira, gli Assassini si danno alla fuga.Shaun, Rebecca, Lucy e Desmond giungono nell'odierna Monteriggioni, tentando di entrare nel Santuario di Villa Auditore, ma non riescono ad entrare perché il passaggio è bloccato. Una volta entrati grazie alla galleria che Ezio usò per fuggire, quest'ultimo rientra nell'Animus e torna ad accedere ai ricordi del suo antenato italiano.
Fonte:Me e Wikipedia
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